古称“姑师”（《史记·大宛传》），是古丝绸之路上的重镇。西汉时期是车师前王庭地。《汉书·西域传》称：车师前国王治交河。西汉元帝元年（公元前48年）设置戊已二校尉屯田。东汉和帝三年（公元91年）戊已校尉驻地由交河城迁驻高昌。晋置高昌郡，北魏属“蠕蠕”（亦称“芮芮”或“茹茹”），称高昌国。 

公元327 年，前凉政权在此建立高昌郡。公元460 年，阚伯周在此建立高昌国。高昌文明根植于中原文明。它原是中国的一个郡发展而来，无论是语言文字，生活习俗，还是文化传承及宗教信仰，都与中原内地息息相通，具有一体性。高昌这土地的历史，是各族人民共同开发的历史，各族人民都对这块盆地的开发建设相继做出过贡献。现在使用“高昌”，是为了继承历史、发扬历史，创造美好未来。

高昌区，隶属于新疆维吾尔自治区吐鲁番市，位于新疆天山支脉博格达峰南麓，吐鲁番盆地的中心，是吐鲁番市行政中心。高昌区总面积13690平方千米，28.88万人（2014年），聚居着维吾尔、汉、回等27个民族。高昌区位居丝绸之路要冲，是名闻遐迩的历史重镇，自两汉以来，长期是中国西域地区政治、经济和文化的中心之一。

2015年4月12日，撤县级吐鲁番市设高昌区。