吐鲁番市高昌区亚尔镇卫生院创建于1959年，是一所科室设置完善，医疗设备齐全，集基本医疗、预防保健、公共卫生为一体的公立性基层医疗机构。卫生院占地面积17086.382平方米，建筑面积10812.12平方米，编制床位70张，实际开放75张。是市、区两级医保定点医院。

现有职工142名，其中在编人员71名，院内合同人员41名，村医30名。

卫生院目前设置有门诊部、住院部、职能科室、村卫生室四大类别。

其中门诊部设置有内、外、妇、儿、五官科、中医科、专家诊室、口腔科、慢病管理一体化门诊、急诊室、检验科、放射科、心电超声室、美沙酮诊室、心理咨询诊室等多学科协同发展科室，构建了综合性一级医疗机构门诊，可以满足辖区及周边区域的日常诊疗活动。

住院部分设置有综合病区（内科、外科、儿科为主）、中医科病区、感染科病区，系高昌区指定肺结核患者隔离住院治疗病房。

职能科室涵盖妇幼保健科、防疫科、儿保科、慢病科、院感办、医务科、医保办、院办、党建办、财务科、后勤保障科等科室。

村卫生室涉及19个村卫生室，均配置有临床医生、村医、护士，保障居民日常的诊疗、公共卫生、预防保健、计划免疫、妇幼保健等工作。